В настоящее время экспозиция музея последовательно  освещает  все периоды древней истории Алтая,  начиная от эпохи палеолита до эпохи позднего средневековья.

В залах  музея демонстрируются более 1500  подлинных экспонатов.

В каждом разделе экспозиции выставлены уникальные находки включающие, в том числе предметы древнего искусства. Яркими объектами показа в экспозиции являются  созданные сотрудниками музея  реконструкции древних захоронений эпохи бронзы и тюркского времени. В отдельном разделе демонстрируются уникальные образцы антропологической коллекции. Значительная часть экспозиции отведена реконструкциям вооружения воинов эпохи средневековья.