Материалы музея, составившие его коллекции, были получены в ходе полевых исследований, которые осуществлялись с 1975 г. сотрудниками, преподавателями и студентами АлтГУ в основном на территории Алтайского края, в состав которого входила Горно-Алтайская автономная область (ныне-Республика Алтай). Фонды с каждым годом пополнялись новыми археологическими находками.

   В настоящее время насчитывается более 640 зарегистрированных коллекций. Многочисленные артефакты относятся к разным историческим периодам: от среднего палеолита до позднего средневековья. В небольшом объеме собраны и этнографические свидетельства.

   Материалы о жизнедеятельности племен и народов Алтая являются важными источниками для реконструкции этногенетических и историко-культурных процессов, происходивших на территории Южной и Западной Сибири на разных этапах развития человечества. В музее также имеется архивный фонд, состоящий из более 261 научных отчетов, которые отражают результаты проведенных археологических разведок и раскопок (Тишкин А.А., Серегин Н.Н., 2011, с. 7).